Les joueurs se retrouvent dans le monde de Zubalon pour aider ses habitants colorés et farfelus, les Zubos, à lutter contre un pouvoir maléfique qui cherche à dominer le monde. Les joueurs peuvent apprivoiser les Zubos qu'ils rencontrent en chemin, les nourrir, s'occuper d'eux, les aider à apprendre des compétences et à devenir plus forts, mais aussi les accompagner dans leur lutte contre leurs ennemis, les vils Zombos.
La musique est un élément clef dans Zubo et fait partie intégrante du monde de Zubalon, depuis la flore musicale jusqu'aux notes de musique qui servent de monnaie. Le joueur devra utiliser la musique lors des combats : pour gagner, il faudra synchroniser l'utilisation du stylet et le rythme musical !
Avec 55 Zubos à découvrir et recruter dans l'équipe du joueur, une multitude de minijeux et d'interactions diverses, ainsi que le monde de Zubalon à explorer, Zubo propose une expérience très gratifiante sur Nintendo DS.