Sous-titré The Phantom Fortress, cet épisode inclura le mode Histoire de la version japonaise, un scénario original où les apprentis-ninja devront batailler ferme dans les étages d'une mystérieuse forteresse volante, une nouvelle menace qui plane au-dessus du village de Konoha. Plus de 100 salles sont annoncées, avec la possibilité d'améliorer ses caractéristiques pour faciliter la progression. A noter que Naruto Ultimate Ninja Heroes 2 proposera une option multijoueur à deux en local, avec des combats dans l'esprit des volets PS2, puisqu'il s'agit ici d'une adaptation. On retrouvera bien sûr Naruto, Sakura, Ino, Shikamaru, Chôji, mais aussi la mystérieuse Kirihime, la princesse de brume à l'origine de l'apparition du Château volant.