Dans un futur proche, les Aragamis, créatures inconnues qui « assimilent » toutes formes de vies, ont contraint l'Humanité à se cacher pour survivre. Un dernier espoir a été placé dans quelques individus sans peur appelés « God Eaters », qui ont la capacité de riposter face à l'ennemi en utilisant l'« Arme Divine » développée par la société de biochimie « Fenrir ».
Cependant une nouvelle menace est apparue avec l'arrivée des « Terres de cendre », une particule toxique flottant dans l'air. Aucune branche de Fenrir n'a pu résister à l'invasion des « Terres de cendre », entraînant l'effondrement du système entier.
Pour survivre à cette menace, les survivants ont construit des bases souterraines, appelées « FORT », et créé une nouvelle génération de soldats appelée « God Eater Adaptatifs » ou « GEA », afin de lutter pour l'avenir de l'Humanité.