Naruto Ultimate Ninja Heroes proposera de retrouver Naruto, Sakura, Ino, Shikamaru, Chôji, mais aussi la mystérieuse Kirihime, la princesse de brume à l'origine de l'apparition du Château volant, une nouvelle menace qui plane au-dessus du village de Konoha.

Une histoire qui servira de trame au mode solo du jeu, le château infini, avec de nombreux étages à gravir pour nos différents héros. Le jeu réservera également une option multijoueur à deux en local, avec des combats dans l'esprit des volets PS2, puisqu'il s'agit ici d'une adaptation.