Marvel Ultimate Alliance 2 sur DS est un jeu de rôle et d'action tiré de l'univers Marvel. Au cours d'une bataille entre super héros et super vilains, une explosion a fait 600 morts.

Le gouvernement décide alors d'instaurer une loi qui consiste à recenser tous les super humains et à connaître leur véritable identité. Décidez de soutenir cette loi ou de lutter contre en incarnant le personnage de votre choix parmi les vingt-quatre disponibles.